H Ιατρική Υπηρεσία της  Ν.Μ. Μολάων αποτελεί Διεύθυνση και διαρθρώνεται σε Τομείς, στους οποίους λειτουργούν Τμήματα κατά ειδικότητα, Μονάδες, Ιατρικές Ειδικότητες - Ειδική Μονάδα, Διατομεακά και λοιπά Τμήματα, ως εξής:

Περιλαμβάνει:

• Παθολογικό τομέα (30) Κλίνες
• Χειρουργικό τομέα (30) Κλίνες
• Μονάδα τεχνητού νεφρού (7) Κλίνες
• Εργαστηριακό τομέα
• Διατομεακά τμήματα (Επειγόντων περιστατικών και Ημερήσιας Νοσηλείας)
• Λοιπά Τμήματα (Διαιτολογίας Διατροφής και Κοινωνικής Εργασίας)
• Φαρμακευτικό Τμήμα

Οι αρμοδιότητες της Ιατρικής Υπηρεσίας της Ν.Μ. Μολάων ορίζονται ως ακολούθως:
α. Η παροχή υπηρεσιών υγείας.
β. Η προώθηση και προαγωγή της υγείας.
γ. Η εκπαίδευση του προσωπικού που στελεχώνει την υπηρεσία.
δ. Ο προγραμματισμός και ο έλεγχος των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας.
ε. Η κατάρτιση πρωτοκόλλων για την παροχή και ανάπτυξη των παρεχόμενων ιατρικών υπηρεσιών από τη Διεύθυνση, τους τομείς και τα τμήματα.
στ. Η συνεργασία με τις άλλες υπηρεσίες του Νοσοκομείου – Κέντρου Υγείας για τη συνεχή βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας.
ζ. Η εποπτεία της εφημερίας και της αποτελεσματικής λειτουργίας των νοσοκομειακών κλινών καθώς και η επιστημονική εποπτεία της λειτουργίας του Κέντρου Υγείας.
η. Ο προγραμματισμός και η εισήγηση για τη χορήγηση οποιασδήποτε μορφής άδειας στο προσωπικό της Ιατρικής Υπηρεσίας.
θ. Η επιστημονική και διοικητική ευθύνη για την εύρυθμη λειτουργία των τμημάτων της Ιατρικής Υπηρεσίας.
ι. Η ενημέρωση και η τήρηση φακέλων νοσηλείας ασθενών.
ια. Η οργάνωση, ο προγραμματισμός και η εκτέλεση ιατρικών πράξεων.
ιβ. Η εποπτεία της νοσοκομειακής βιβλιοθήκης.
ιγ. Η οργάνωση και η προώθηση της έρευνας.